হাসপাতালের ক্লিন রুম প্রধানত মডিউলার অপারেশন রুম, আইসিইউ, আইসোলেশন রুম ইত্যাদিতে ব্যবহৃত হয়। মেডিকেল ক্লিন রুম একটি বিশাল এবং বিশেষ শিল্প, বিশেষ করে মডিউলার অপারেশন রুমে বায়ুর পরিচ্ছন্নতার উপর উচ্চ চাহিদা থাকে। মডিউলার অপারেশন রুম হাসপাতালের সবচেয়ে গুরুত্বপূর্ণ অংশ এবং এটি মূল অপারেশন রুম ও সহায়ক এলাকা নিয়ে গঠিত। অপারেশন টেবিলের কাছাকাছি আদর্শ পরিচ্ছন্নতার স্তর হলো ক্লাস ১০০-তে পৌঁছানো। সাধারণত উপরে কমপক্ষে ৩*৩ মিটার হেপা ফিল্টারযুক্ত ল্যামিনার ফ্লো সিলিং ব্যবহারের সুপারিশ করা হয়, যাতে অপারেশন টেবিল এবং অপারেটর ভিতরে আবৃত থাকতে পারে। জীবাণুমুক্ত পরিবেশে রোগীর সংক্রমণের হার ১০ গুণেরও বেশি কমে যেতে পারে, ফলে মানুষের রোগ প্রতিরোধ ব্যবস্থার ক্ষতি এড়াতে অ্যান্টিবায়োটিকের ব্যবহার কম বা একেবারেই না করা যেতে পারে।
উদাহরণস্বরূপ আমাদের হাসপাতালের একটি ক্লিন রুমের কথা ধরা যাক। (ফিলিপাইন, ৫০০ বর্গমিটার, ক্লাস ১০০+১০০০০)
